W obliczu nowych wyzwań związanych z reformą oświaty, w środowisku STO pojawiła się inicjatywa doskonalenia jakości pracy szkół STO. W latach 1998-2001 został opracowany i wdrożony system akredytacji środowiskowej. Akredytacja wyznacza kierunek rozwoju szkoły, która dobrowolnie poddaje się zewnętrznemu audytowi w takich obszarach jak: efektywność pracy szkoły w nauczaniu i wychowaniu, współpraca ze środowiskiem lokalnym, zarządzanie i wewnętrzny system zapewniania jakości. Obszary badania pracy szkoły oraz opis procedur akredytacyjnych zawiera Księga Jakości , która dostarcza dyrektorom szkół i organom prowadzącym szkoły narzędzie do profesjonalnego kierowania i zarządzania.

Szkole, która pomyślnie przejdzie procedurę akredytacyjną Kapituła przyznaje certyfikat jakości "Teraz polska dobra szkoła" opatrzony zaszczytnym godłem SCHOLA REIPUBLICAE. Oferta przystąpienia do akredytacji skierowana jest również do szkół publicznych, które zainteresowane są systemem podnoszenia jakości pracy.

Pierwsze dwie procedury akredytacyjne przeszły pomyślnie Społeczna Szkoła Podstawowa nr 4 STO im. Juliusza Słowackiego i Społeczne Gimnazjum nr 7 STO im. Juliusza Słowackiego w Krakowie. Uroczyste wręczenie certyfikatów odbyło się w listopadzie 2002 r. podczas Gali 15-lecia STO na Zamku Królewskim w Warszawie. Wówczas obu szkołom przewodzili dr Anna Okońska-Walkowicz i prezes Samodzielnego Koła Terenowego nr 64 w Krakowie Andrzej Bielak.